Отдел паразитологии – одно из первых структурных подразделений Института. Он создан в 1941 г. Паразитологические исследования в Таджикистане проводились еще задолго до образования Института и были направлены на разработку вопросов краевой медицины. В настоящее время в отделе проводятся исследования возбудителей и переносчиков паразитарных болезней животных и человека (простейших, гельминтов, иксодоидных клещей, кровососущих двукрылых – компонентов гнуса) в Центральном и Южном Таджикистане и разрабатываются биоэкологические меры борьбы с ними. Многолетними исследованиями в Таджикистане установлен видовой состав иксодоидных клещей, насчитывающий 34 вида и подвида. В животноводческих хозяйствах Центрального и Южного Таджикистана на сельскохозяйственных животных - крупном и мелком рогатом скоте, установлено паразитирование 16 видов иксодоидных клещей, из которых 11 видов иксодовых и 1 вид аргасовых клещей - переносчиков возбудителей пироплазмидозов. Изучается эпизоотологическое значение клещей-переносчиков, биологические и экологические особенности. предложены методы профилактических и лечебных мероприятий при пироплазмидозах. На основе проведенных исследований разработаны методика изготовления нового биологического препарата «Глобулин против тейлериоза крупного рогатого скота» и научно-техническая документация по его изготовлению и применению. Препарат прошел государственное контрольное испытание, вошел в Ветеринарное законодательство и рекомендован для применения в ветеринарной практике. Проводятся исследования кокцидиозов (эймериозов) крупного рогатого скота, у которых установлено паразитирование 5 видов кокцидий рода Eimeria, зараженность этими паразитами в различных хозяйствах достигает 40%. Проводится изучение фауны, биологии, экологии кровососущих двукрылых – компонентов гнуса (комаров, мокрецов, москитов, мошек, слепней), в Южном и Центральном Таджикистане, где выявлено 20 видов мокрецов, 4 вида мошек, 9 видов москит, 20 видов слепней, 30 видов комаров, среди которых преобладают малярийные комары Anopheles superpictus, An.hyrcanus, An.pulcherrimus, а из немалярийных – комары родовAedes, Culiseta, Culex. С целью изыскания мер борьбы с комарами – переносчиками возбудителей малярии проводятся работы по изучению эффективности рыб ларвифагов (гамбузии и гуппи) для использования их в борьбе с малярийными комарами, изучается эффективность и длительность действия некоторых инсектицидов, разрабатывается план комплексных противомалярийных мероприятий. В рамках проекта МНТЦ Т-1159.2 «Комплексное изучение малярийных комаров и их естественных врагов, разработка рекомендаций по регулированию численности комаров в южных районах Таджикистана» проведены исследования по определению заражённости комаров возбудителями малярии методом ELISA, изучена эффективность рыб местной фауны (карп, карась и быстрянка) и гамбузии в борьбе с кровососущими двукрылыми. Методом ELISA у An.superpictus и An.hyrcanus были выявлены положительные результаты на P. ivax VK210. Естественный процент заражённости An.superpictus составлял 0.53% и 0.18% у An.hyrcanus. В последние годы проводятся исследования по выявлению видового состава кровососущих двукрылых и иксодовых клещей с целью установления их роли в передаче трансмиссивных заболеваний. В результате выявлен видовой состав кровососущих двукрылых насекомых – 30 видов комаров, 6 родов, доминирующими из которых являются Anopheles hyrcanus, An.superpictus, Culex pipiens, Aedes caspius, у которых выделены арбовирусы – вирус Западного Нила и вирус Иссык-Куль. В Северном Таджикистане и в граничащих с Согдийской областью районах Киргизии установлено 9 видов москитов, среди которых выявлены переносчики антропонозного, кожного и висцерального лейшманиозов. Выявлен видовой состав иксодоидных клещей (7 видов) в очагах Крымской-Конго геморрагической лихорадки (ККГЛ), распространённой, в основном, в Южном Таджикистане, и установлен основной переносчик вируса ККГЛ - иксодовые клещи Hyalomma anatolicum. Клещи Hl.anatolicum, инфицированные вирусом ККГЛ, выявлены также в Северном Таджикистане. На основании полученных результатов опубликованы монографические работы «Кровососущие двукрылые Таджикистана» (Хабиров, Кадамов, Искандаров, Комилова, Назарова, 2013) и «Кровососущие мокрецы (Diptera, Ceratopogonidae) Таджикистана» (З.Хабиров, 2017), где подведены итоги многолетних исследований по таксономии, географическому распространению, медиковетеринарному значению кровососущих двукрылых и меры борьбы с ними. Изучена гельминтофауна домашних и диких птиц Таджикистана, у которых обнаружено 616 видов гельминтов, 21 вид кровепаразитов, 6 видов кокцидий. Исследованиями гельминтофауны сельскохозяйственных животных у крупного и мелкого рогатого скота выявлено около 120 видов гельминтов. Проведены многоплановые исследования по оводам крупного рогатого скота и яков, изучена фауна слепней республики, насчитывавшая 24 вида. Детально изучена паразитофауна рыб водоемов Таджикистана, у которых выявлено 222 вида паразитов из различных групп. В перспективе паразитологические исследования будут направлены на решение задач в области общей, медицинской и ветеринарной паразитологии с целью изучения фауны патогенных простейших – паразитов сельскохозяйственных животных, их переносчиков, кровососущих двукрылых насекомых (компонентов гнуса), выяснению роли кровососущих членистоногих в развитии паразитарных болезней животных и человека, будут проводиться исследования по разработке методов профилактики и борьбы с возбудителями и переносчиками протозойных и гельминтозных инвазий животных и человека, изысканию средств биологической и экологической защиты людей и животных от кровососущих членистоногих. По результатам паразитологических исследований опубликовано 14 монографий, 11 научно-популярных брошюр, рекомендаций по борьбе с возбудителями и переносчиками болезней.